1. 实验室管理机构设实验室主任1名，每届任期3年，可以连任。实验室主任可根据工作需要，提名并由中国疾病预防控制中心聘任副主任1名，在科研、学术、外事、行政管理等方面协助其工作。
2. 实验室设秘书1名，协助主任、副主任处理日常事务。
3. 实验室实行依托单位领导下的主任全面负责制，主任对实验室科学研究、学术交流、专职人员聘任、研究生教育、生物安全等实行统一管理。实验室主任在副主任和秘书的协助下，负责实验室年度总结和实验室整体建设，并保持与上级主管部门的汇报与沟通。
4. 实验室设立学术委员会，是实验室的学术指导、咨询和评审机构，主要职能是指导研究方向，审议研究课题，评价研究成果，讨论和审议实验室的经费计划和重大学术活动。学术委员会会议每年至少召开一次。
5. 实验室开放基金由实验室主任统一负责，根据学术委员会审议意见，按课题核算并根据有关文件精神进行管理（具体内容见实验室开放管理规定）。
6. 实验室的大型仪器设备实行统一管理、共同使用的制度。研究人员不得以个人或课题组名义占有仪器设备。