本项目在世界上第一次针对日本血吸虫不同发育阶段和形态包括雌虫、雄虫和虫卵进行大规模基因片段测序并作全面分析和验证；建成了世界上最大的日本血吸虫表达序列标签(EST)公共数据库，日本血吸虫序列表达标签（EST）达到10万多条，包含8000多个阅读框架（ORF）、3500多个全长ORF。
寻找和鉴定出了一批代谢、发育、性别相关基因，为日本血吸虫和其他相关研究提供了重要资源。在日本血吸虫转录组研究的基础上，利用高通量蛋白质组鉴定技术和策略在世界上第一次对日本血吸虫不同发育阶段、性别、表皮和卵壳等进行大规模蛋白质鉴定，鉴定血吸虫蛋白质3200多个。在获得以上数据后，详细比较了血吸虫转录组和蛋白质组之间的异同，并对一些结果进行了验证。
另外，还对比了不同血吸虫种类的基因组信息，并探讨了血吸虫基因组与其他物种基因组的关系，获得了重要成果。已完成日本血吸虫基因组框架图,获得了90％以上的日本血吸虫基因组序列；共计322万多个DNA序列（reads），相当于日本血吸虫基因组7倍覆盖的DNA序列；共识别14000多个基因。
以上研究结果为发掘可用于疫苗、诊断与药物靶点等相关的重要功能基因提供了重要基础。