为加强本所寄生虫虫（株）种和微生物、菌种（简称虫菌种）的安全管理，维护本所预防控制事业的工作秩序，根据中国疾病预防控制中心微生物菌毒种安全管理规定，特制定本管理办法。
一、寄生虫种（株）和微生物、菌种的管理实行单位法人负责制。
单位法定代表人或主要负责人是本单位虫、菌种管理的第一责任人，全面负责单位内部的虫、菌种管理工作。
二、所病原微生物菌（毒）种保藏中心工作领导小组与工作小组，负责所内的虫、菌种的保藏、使用、交流、收集等项工作的管理。接受中心菌毒种管理委员会的指导、监督、检查。
三、本所菌种的分级分类和管理参照中国疾病预防控制中心制订的有关菌种的管理规定进行管理。本所虫菌种管理实行分级、分类管理。
四、本所设虫、菌种保藏处，由专人负责虫、菌种的保藏、领用登记工作。虫、菌种管理及使用人员由思想作风端正，具有相应专业水平的人员担任。有关部门应进行经常性的教育和检查，不适应此项工作人员要及时调换。
五、领取虫、菌种要进行登记，使用虫、菌种应在专门的场所进行，防止扩散或丢失；外单位协作、进修人员复苏虫菌种应两人进行，工作结束后，要认真清理实验器具和培养液，妥善保管实验中生成的衍生虫毒株。使用人员要熟悉其虫、菌种的性质、操作规程，要有防护措施。无关人员不经许可，不得进入操作现场。实验后的废物经严格进行分级分类消毒后处理，严禁随意丢弃。虫、菌种使用后，立即交换保管人员查验收收藏保管。
六、实验室根据需要收集国内外虫、菌种，应在3个月内进行检定、登记，并写出试验记录和报告，报所领导审阅，报中心疾控处备案。干燥虫毒种经统一编号登记后，连同资料放在虫、菌种库内统一保存，并及时向上级主管部门报告。
收集虫、菌种属于我国尚未发现或致病性强的国外虫、菌种时，应报卫生部批准。
国外有关机构向我国索取虫、菌种时，应按照国家有关生物资源的规定办理，及时向单位主管领导和中心主管部门请示，不得擅自作主。
七、虫、菌种保藏处、实验室出售、交流虫菌种时，需查验领取人单位正式公函、虫菌种名称、型别、数量及用途，由室主任请示所主管领导批准后，方予办理。
出售、交流一、二类虫菌种，需经当地省、自治区、直辖市卫生行政部门同意，部队系统需经省、军级卫生主管部门同意，经卫生部疾控司批准．所领导同意后，报中心疾控处、保卫处备案，方可办理。
任何单位和个人不得将虫、菌种擅自交流、出售、携带出单位或境外。
八、一、二类虫菌毒种进行出售、交流时，应派可靠的人员两人向供应单位领取或由供应单位送达，严禁邮寄。
九、凡库存正式登记号的虫菌种要经常进行清点，帐上的数字要与库存物品相符，一类、二类虫菌种要一年清点一次，其他类菌种每两年清点一次。
十、凡正式登记号的虫菌种，因变异、污染或其他原因，无继续保存价值，需要销毁，应由保存单位写出书面报告，报所主管领导批准。一、二类的虫菌种销毁，要报中心疾控处、保卫处备案；销毁收集国外虫、菌种属于我国尚未发现或致病性强的虫菌种时，应报卫生部批准。
十一、发生虫、菌种丢失、失控，可能流散社会等事件时，应立即向所领导报告，采取紧急措施，防止事态扩大。并及时向中心主管部门报告，视情况向当地公安部门报告。
十二、对虫、菌种管理工作成绩显著或为防止虫菌毒种流失、扩散做出突出贡献的单位和个人给予通报表扬、记功。发放奖金、晋级等项表彰和奖励。
十三、从事虫、菌种保藏、使用、交流、收集等项工作的人员，不落实国家有关虫、菌种管理规定和本虫菌毒种安全管理规定，违章作业导致发生虫菌种流失、扩散、污染，造成危害国家安全、社会公共安全的严重后果的按相关规定处理。
十四、本办法如与国家有关虫、菌种管理规定有冲突，以国家有关虫、菌毒种管理规定为准。